日本有許多地方的交通線是靠第三部門鐵道在支撐的，第三部門通常指的是非營利單位，不過在日本，第三部門鐵道指的是公私合營的鐵道公司，有別於JR和其他私鐵。
過去日本國鐵民營化，分割轉型成JR的時代，一些不堪虧累的地方路線只能裁撤，但這樣又會影響地方民眾的交通權；於是日本定了法律「日本国有鉄道経営再建促進特別措置法」，由地方政府成立第三部門鐵道公司來接手經營。
這些第三部門鐵道的路線，大多是使用過去日本國鐵列入廢線清單中的舊有鐵道，由沿線的各級地方政府和民間企業共同出資組成第三部門鐵道公司接手營運。雖然大多數的第三部門鐵道仍然持續虧損，但因為這些路線有著振興地方的責任，地方政府和企業不會單純以損益來衡量其經營存續問題，仍然積極持續經營。
目前在前瞻計畫中的各地方軌道建設，我看到的資料比較著重在硬體建置，比較沒看到日後的營運模式；除了各都會區的捷運本來就是由地方政府營運之外，其他的路線如果全都交給台鐵，以台鐵的體質和架構，恐怕難免賠到不省人事，而且沒辦法針對地方特色設計出活潑的經營模式；要是借鏡日本第三部門鐵道的經驗，讓地方政府和民間多負一點責任，不要老跟中央要錢，也許會是值得思考的方向。
「経営状況が悪い第三セクター鉄道では、売店など周辺事業への進出、イベント列車の運行や地域密着イベントの開催、新駅の設置、グッズ販売などで増収を図り、列車本数の削減、設備の自動化、人員削減や他事業者の退職者を再雇用するなど合理化を進めてコストを徹底的に圧縮する努力を講じていることが多い。」